Na związanym przez długie lata z ks. Karolem Wojtyłą duchownym cieniem położyły się mocno udokumentowane podejrzenia o tajną współpracę ze Służbą Bezpieczeństwa PRL jako agent o pseudonimie “Delta”, którym on sam konsekwentnie zaprzeczał.
“Nie podpisałem ani nie wyraziłem zgody, a wprost przeciwnie, wielokrotnie odmawiałem zgody na taką współpracę, a przez długi czas nawet na jakąkolwiek rozmowę, co odnotowują w swoich papierach pracownicy SB. To dopiero potem zmieniłem sposób traktowania tych ludzi” – napisał w 2007 roku w autobiografii pt. “Ale miałem ciekawe życie”.
Według ustaleń historyków w czasie pobytu w Rzymie ks. Maliński miał dostarczać informacje o polskich duchownych uczestniczących w Soborze Watykańskim, m.in. o kard. Stefanie Wyszyńskim. Funkcjonariusze bezpieki podkreślali jego negatywny stosunek do prymasa Polski i przyjaźń z abp. Wojtyłą, co próbowali rozgrywać operacyjnie.
Z wydanego w 2007 roku przez Instytut Pamięci Narodowej trzytomowego opracowania pt. “Kościół katolicki w czasach komunistycznej dyktatury. Między bohaterstwem a agenturą” wynika, że ks. Maliński został zarejestrowany jako kontakt informacyjny w 1965 roku, a sześć lat później uznano go za tajnego współpracownika.
Ks. Maliński poznał przyszłego papieża podczas okupacyjnych, modlitewnych spotkań u Jana Tyranowskiego, który wywarł wielki wpływ na młodego Wojtyłę i przyczynił się do wybrania przezeń drogi życiowej jako kapłan. Obaj uczestniczyli później w zajęciach w tajnym seminarium duchownym zorganizowanym w siedzibie biskupów krakowskich w okresie II wojny światowej przez ówczesnego metropolitę ks. arcybiskupa Stefana Sapiehę.
Towarzyszył Janowi Pawłowi II w wielu pielgrzymkach, m.in. do USA, Niemiec, Portugalii, Wielkiej Brytanii, Korei Południowej, Tajlandii, Szwajcarii i Indii pisząc z nich cieszące się dużą poczytnością relacje oraz reportaże. Bardzo często i chętnie chwalił się wyjątkowo zażyłością z papieżem, co przysparzało mu wielu wrogów w kręgach kościelnych.
W dorobku ks. Malińskiego jest blisko 150 książek przybliżających wiernym przystępnym i barwnym językiem podstawy wiary katolickiej. Największą popularność zyskał przetłumaczoną na kilkanaście języków biografią Ojca Świętego pt. “Wezwano mnie z dalekiego kraju”.
Przez wiele lat był stałym autorem “Tygodnika Powszechnego”, w którym publikował cotygodniowe krótkie rozważania na temat niedzielnej Ewangelii. Regularnie pisywał też do miesięcznika “Znak” i do “Dziennika Polskiego”.
Kiedy rozeszły się informacje o ciemnych kartach z jego biografii, obiecał redakcji “TP” wyjaśnić je w obszernym artykule, ale w ostatniej chwili wycofał się, co spowodowało zawieszenie, a de facto zerwanie współpracy z wymienionymi wyżej tytułami.
W ostatnich latach umieszczał swoje homilie i rozważania na własnej stronie internetowej.
