Pochodzenie i rodzina
Był szóstym z kolei dzieckiem Ludwika Jakubowskiego, urzędnika Senatu Wolnego Miasta Krakowa i Balbiny z Żelkowskich. Dziadek Macieja, również Maciej Topór Jakubowski, był lekarzem, zaś stryj Jakub, był profesorem Wydziału Lekarskiego UJ, Po śmierci ojca Macieja, był jego opiekunem prawnym.
Edukacja
W roku 1855, Maciej ukończył Gimnazjum św. Anny. W roku 1861 uzyskał on dyplom doktora medycyny na wydziale Lekarskim UJ. Przy pomocy stryja odbył staże w szpitalach dziecięcych Wiednia, Pragi i Paryża. W Pradze napisał swoją pierwszą pracę naukową, zatytułowaną O badaniu dróg oddechowych niemowląt. Jako pierwszy w Polsce lekarz, habilitował się z pediatrii w roku 1864.
KTL
Był współzałożycielem i prezesem Krakowskiego Towarzystwa Lekarskiego oraz członkiem Towarzystwa Naukowego Krakowskiego. W 1872 roku przy pomocy Marceliny Czartoryskiej, Jakubowski założył w Krakowie Towarzystwo Opieki Szpitalnej dla Dzieci, a także założył on Szpital św. Ludwika dla dzieci.
Jako jeden z pierwszych klinicystów w Europie, wprowadził tak zwaną seroterapię w leczeniu błonicy. Był zwolennikiem medycyny zapobiegawczej i leczenia balneologicznego u dzieci. Uważany za twórcę polskiej szkoły pediatrycznej.
Odznaczony austriackim Orderem Żelaznej Korony.
