Pochodzenie
Pochodził ze starej rodziny sięgającej swoją historią epoki średniowiecza. Był on synem wojewody łęczyckiego Franciszka i jego pierwszej żony Franciszki z Kadzidłowskich. Jan miał troje rodzeństwa: Władysława, Wojciecha i Mariannę.
Od ojca Jan otrzymał starostwo tuszyńskie, położone w powiecie piotrkowskim. W styczniu 1733 roku, został on marszałkiem sejmiku kujawskiego, a w tym samym roku posłował na sejm konwokacyjny.
Popierał Augusta Poniatowskiego
W 1764 roku, Skarbek był posłem na sejm konwokacyjny z województwa inowrocławskiego i elektorem króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. Dnia 14 grudnia 1764 roku, Jan uzyskał kasztelanię inowrocławską, a rok później został wyznaczony senatorem rezydentem. W roku 1767 przystąpił do prosaskiej konfederacji radomskiej, popierając na objęcie tronu Stanisława Augusta.
Zmarł 27 stycznia 1772 roku, a pochowany został w Brdowie w rodzinnej krypcie.
