Młodość
Ukończył gimnazjum w Nowym Sączu, potem studiował historię na Wydziale Filozofii UJ. W latach 1883-86 prowadził on badania archiwalne we Włoszech. W latach 1886- 87, Rubczyński studiował filozofię w Rzymie i w Lipsku. Zaś prawo studiował on w Wiedniu. W roku 1887, został on doktorem filozofii, ten sam tytuł uzyskał także na Wydziale Prawa UJ. W latach 1895-1910, pracował jako urzędnik, równolegle prowadząc zajęcia jako docent prywatny historii filozofii na Uniwersytecie Lwowskim.
Profesor nadzwyczajny
Od roku 1909, Rubczyński zatrudniony był jako prof. nadzwyczajny, a rok później jako prof. zwyczajny UJ, gdzie kierował Katedrą Etyki. Wykładał historię polityczną Polski oraz historię powszechną. Przez wiele lat pełnił funkcję przewodniczącego Komisji do Badania Dziejów Filozofii w Polsce i był jednym z pierwszych uczonych, którzy podjęli systematyczne studia nad historią polskiej myśli filozoficznej wieków średnich. Był też członkiem komitetu redakcyjnego “Ruchu Filozoficznego”, a następnie Towarzystwa Filozoficznego w Krakowie.
Przyczynił się do powstania Towarzystwa Naukowego im. Benedykta XV, w Krakowie. W 1918 roku, wstąpił do Wojska Polskiego i służył w nim jako sierżant w referacie prasowym, pisząc w czasopiśmie “Reluton” patriotyczne artykuły. Podczas akcji plebiscytowej na Górnym Śląsku wygłaszał do tamtejszych Polaków odczyty okolicznościowe podtrzymujące ducha patriotyzmu i umacniające wiarę w zwycięstwo nad niemieckim zaborcą. Był on też kuratorem koła krakowskiego Akademickiego Związku Polskiej Młodzieży Chrześcijańskiej i działał w nim aż do końca działalności tej organizacji.
Kurator Jagiellonii
Był kuratorem korporacji “Jagiellonia” (1929-1933). Protestował przeciw uwięzieniu w Brześciu nad Bugiem polityków wrogich obozowi sanacyjnemu. Był członkiem i korespondentem Akademii Umiejętności. Był odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
Zmarł 18 maja 1938 podczas przejazdu przez Inowrocław na zawał serca. Został pochowany na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
